一颗流星划过东京的夜空，随之而来的是希腊神话传说中的金苹果。善良的孤儿院女老师画着梨花衣裳，和孩子过着平静的生活，却被金苹果召唤，变成了纠纷女神爱丽丝。为了毁灭世界，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将她捆绑。除了争议女神之外，还有五位不死圣徒，包括射手座玛雅、竖琴俄耳甫斯、南十字星古晚、宙斯盾阿恩和奥林扎加。正在享受和平生活的圣斗士星矢、子龙、瞬发和冰河收到了爱丽丝的挑战信，他们再次穿上圣衣，前往女神被困的地方。当他们到达圣域时，圣斗士星矢中的所有人都遇到了一群五不死生物，然后陷入了一场恶战。女神危在旦夕……这部电影是漫画《圣斗士星矢》的第一个剧场版。